Un aspecto especialmente delicado (y controversial en días recientes) es la posible aplicación retroactiva de las nuevas disposiciones, particularmente en materia de suspensión.

Diversos especialistas han advertido que, si la reforma se aplica a juicios en trámite, podría afectar derechos adquiridos por los contribuyentes, como la suspensión ya otorgada o la forma en que se garantiza el interés fiscal.
Esto generaría un escenario de incertidumbre jurídica, pues las empresas que actualmente litigan contra créditos fiscales podrían ver modificadas las reglas del procedimiento en pleno desarrollo, contrariando el principio de irretroactividad de la ley previsto en el artículo 14 constitucional.

Al respecto, es importante mencionar que el Ejecutivo Federal ha hecho un llamado a revisar y aclarar el texto legal del artículo transitorio para que quede claro que la reforma no se aplicará a casos ya en trámite (o al menos que no perjudique los derechos adquiridos).